1992년 4월 25일에 창립된 대한소아비뇨기과학회는 1987년 4월 25일에 발족한 소아비뇨기과학 동호회 모임을 그 모체로 하고 있다. 소아비뇨기과학 동호회는 발족 이래 1991년에 이르기까지 총 9회의 증례토론회 학술모임을 통해서 국내 소아비뇨기과학의 발전에 크게 기여하였다.

1992년에는 동호회 모임을 확대시킴으로써 우리나라 소아비뇨기과학을 더욱 발전시키고, 소아비뇨기과를 전공하고자 하는 전문의 간의 학문교류와 친선 도모를 목적으로 하는 정식 학회를 창립하자는 인식이 공유되기에 이르렀다. 이러한 흐름 속에서 모두 8명의 발기인 (고성건, 김광명, 김광세, 류수방, 우영남, 윤종병, 최승강, 최황)이 모여서 대한소아비뇨기과학회를 정식으로 창립하기로 결의하였고, 1992년 4월 25일에 부산대학교병원 신관 9층 강당에서 제1회 학술대회 및 창립총회를 거행함으로써 국내의학 발전에 뚜렷한 분기점을 형성하게 되었다. 창립총회에서는 발기취지문을 발표하였고, 회칙을 제정하였으며, 초대 집행부로서 회장 윤종병, 총무 김광명, 감사 김진일 등을 선출하였다.

이후 현재까지 매년 정기학술대회를 개최하였으며, 2004년 이후 증례토론회를 새로 신설하여 개최하고 있다. 또한 대한비뇨기과학회 학술대회에서 소아비뇨기과 질환에 대한 다양한 주제의 심포지움과 연수강좌를 진행하였다.

이러한 학술행사 이외에 학회 회원들의 적극적인 참여하에 유치원생의 무증상 세균뇨에 대한 선별검사, 소아 야뇨증에 대한 역학조사, 소아 포경에 대한 인식조사 등의 연구조사를 진행하여 의미 있는 결과를 보고하였고, 전국적인 규모로 Wlims종양 등록, 소아 고환종양 등록 등의 사업을 진행하여 학술지에 결과를 보고하였다.

국내에서의 다양한 활동 이외에도 1998년 이후로는 일본 소아비뇨기과학회 회원들과의 학술적인 교류를 목적으로 결성한 한일 소아비뇨기과학회 (KJSPU: Korean and Japanese Society of Pediatric Urologists) 모임을 통해서 상호교류를 활발하게 할 수 있었고, 1999년 이후로는 아시아태평양지역 소아비뇨기과학회 (APAPU: Asia Pacific Association of Paediatric Urologists)에 주도적으로 참여하면서 더 폭넓은 교류를 해오고 있다.

이러한 활동에 힘입어 대한소아비뇨기과학회는 전문학회로서 그 존재를 인정받을 수 있었고, 앞으로 더욱 발전된 모습으로 거듭날 수 있을 것이다.